​Theo chỉ thị, UBND TP giao Sở Tài nguyên và Môi trường (TN-MT) chủ trì, phối hợp với Công an TP, Ban Quản lý các khu công nghiệp và chế xuất Hà Nội, UBND các quận, huyện, thị xã, UBND các xã, phường, thị trấn, hằng năm lập kế hoạch kiểm tra việc tuân thủ pháp luật về khai thác, sử dụng TNN, xả nước thải vào lưu vực nguồn nước, hành nghề khoan nước dưới đất của các tổ chức, cá nhân đang hoạt động trên địa bàn, kiên quyết xử lý các trường hợp vi phạm, tái phạm nhiều lần; báo cáo UBND TP đình chỉ các cơ sở gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng, hoạt động không có giấy phép, sai phép.

Cũng tại văn bản này, UBND TP yêu cầu UBND các quận, huyện, thị xã tổ chức tổng kiểm tra rà soát, thống kê các tổ chức, cá nhân đang hoạt động khai thác, sử dụng TNN, xả nước thải vào lưu vực nguồn nước và hành nghề khoan nước trên địa bàn. Qua đó phân loại đơn vị hoạt động có giấy phép, không giấy phép, sai giấy phép; xử lý theo thẩm quyền, tổng hợp báo cáo và đề xuất các biện pháp quản lý hiệu quả nguồn TNN. Trước ngày 25-1-2012, Sở TN-MT tổng hợp kết quả tổng kiểm tra báo cáo UBND TP.